一是降低水处理要求，如果水中的隐孢子虫较多，则需要多处理，以达到降低的目的；二是保护公众，因为隐孢子虫可以威胁你的生命。另外，从公众的压力来看，所有消费者都希望饮水安全。在疾病爆发后，成本极高，如影响游客，关闭公共服务，要求煮饮，对供水公司和基础研究的目的有潜在的法律影响。
为确保饮用水安全，实施高质量供水，国家建设部在2005年6月1日正式实施的《城市供水水质标准》（CJ/T206-2005）中，增加了一鞭毛虫和隐孢子虫的微生物指标。
水中检测“两虫”的意义
我国《生活饮用水卫生标准》（GB5749—2006）分：表1水质常规指标38项，表2饮用水中消毒剂常规指标4项，表3水质非常规指标64项，合计106项。我国对生活饮用水提出了一系列水质卫生要求，其中一条为生活饮用水中不得含有病原微生物。
贾第鞭毛虫和隐孢子虫是两种严重危害水质安全的、寄生于人和动物体内的原生，主要通过饮用水和食品等途径传播疾病。由于它们的孢囊和卵囊的表面包裹着一层较厚的囊壁，因此具有非常强的环境抗性，因为“两虫”的孢囊直径大小只有几个微米，不易为常规的沉淀、过滤等处理方法去除，而且孢囊和卵囊对消毒剂的抵抗力远大于大肠和脊髓灰质炎病毒，对常规指示菌安全的饮水不能排除原虫的可能性。它们可引起人的消化道，症状与腹泻相似。据相关报道，自1976年以来，世界各地相继发生了“两虫”的流行，如1993年美国威斯康星州某市“两虫”污染事件导致了约40万人受到，而在我国大部分地区也多次发现“两虫”病例。
在采集水样之前，必须做好有关的调查和了解。例如对于水体的采样，应事先了解流域范围内城市和工业的布局及废水排放情况，农业区化肥的使用及污水灌溉情况以及河流的流量、河床宽度和深度等水文情况；对于工业废水的采样，则应事先了解工厂性质、产品和原材料、工艺流程、物料衡算、下水管道的市局、排水规律以及废水中污染物的时、空量的变化等。
由于被分析的水体性质和分析目的、分析项目的不同，取样点、取样量、采样器和取样方法等也不尽相同。
水质检测
用度量杯或者透明度高的玻璃杯装入具有代表性的水，对着光观察其中是否含有细微杂质和漂浮物。将水静置三小时后，用肉眼观察是否有沉淀物、水体颜色是否有异常，如果有则说明水中悬浮杂质严重超标。
也可以用鼻子闻，可以初步判断水中是否含有漂白的粉的味道，如果嗅到刺鼻的气味，则说明水中余氯的含量超标。如果铁锈味明显，则说明水中金属杂质含量高，不适合做饮用水。