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PCR实验室各区功能及主要设备：试剂准备区：主要进行试剂的制备，分装和主反应混合液的制备。试剂盒用于样品制作的材料应直接运送至该区域。
样品制备区：主要进行样品的保存，核酸提取，贮存及其加入至扩增反应管和测定DNA的合成。 本区主要设备有冰箱，生物安全柜，离心机，加样器，振荡器等。本区的压力梯度要求为：相对于邻近区域为正压，以避免从邻近区进入本区的气溶胶污染，压力一般设计为+10Pa。
扩增区：主要进行DNA扩增项目。已制备的DNA模板(来自样品制备区)的加入和主反应混合液(来自试剂准备区)制备成反应混合液等也可在本区内进行。本区主要设备有：冰箱，加样器，离心机，扩增仪等。本区的压力梯度要求为：相对于邻近区域为负压，以避免气溶从本区漏出，压力一般设计为-25Pa。
扩增产物分析区：主要进行扩增产物的测定。本区主要设备有加样器，、和水浴箱等。本区的压力梯度的要求为：相对于邻近区域为负压，以避免扩增产物从本区扩散至其它区域，压力一般设计为-25Pa。
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PCR实验室为什么要进行三区隔离？
PCR反应过程中不断进行升温降温，液体蒸发又冷凝，PCR管中部分空气形成气溶胶，携带大量的DNA扩增产物(注意，1ng扩增产物中可作为模板的DNA片段数量，超过1ng起始模板中可扩增DNA片段数量的几百万倍甚至更高。比如人的基因组DNA有30亿个bp，要扩增的单拷贝基因片段是300bp，1ng起始模板中可以作为模板DNA片段只占总起始模板DNA总量的千万分之一)。如果在实验室打开含PCR扩增产物的管盖，大量携带DNA扩增产物的气溶胶就会涌出，扩散到空气中，从而对环境造成污染。
虽然在整个空间环境中DNA的含量很低，但由于理论上只要有1个可做为模板的DNA片段也能PCR扩增成功，这就是为什么在污染环境中阴性对照也能扩增出条带的原因。所以在PCR实验室(比如临床PCR检验实验室)，通常有四区隔离(或至少是三区隔离)的要求。
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PCR实验室管理细则规范：
1、本实验室进行临床基因扩增检测及相关检验工作，不得进行其他实验操作。
2、本实验室采用实时荧光定量PCR技术作为临床基因诊断的主要技术手段，实验室分为四个区：
试剂储存和准备区(一区)、样品标本处理区(第二区)、扩增区(第三区)、扩增产物分析区(第四区)。各工区配备的设备、仪器仪表、辅助设施、耗材、清洁用品、办公用品和专门的工作服，工作服具有明显的识别标志。标本的接收有专门的标本接收处。
3、各工作区专门的仪器设备、办公用品、工作服、实验耗材、清洁用具不得混用。
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